masahiro さん、こんばんは。

XOOPS X をアップグレードに使うとのことですが、これについてもXCL2.2の最新のものを使っていますので、何ら問題ないと思いますよ。
「初めてインストールされる」云々については、installディレクトリが含まれているとか、mainfile.phpが入っているという点について注意すれば、、アップグレードに使うことに問題ないですね。（FTPでアップする際に、installディレクトリとmainfile.phpをアップしないということですね）

ただ、まずは既存のデータをバックアップしてから、作業するようにしてくださいね。