お返事が遅くなりすいません。
Snowlandのご利用、ありがとうございます。

メニューですが、theme.htmlの69行目から88行目にある <nav> 部分を他のメニュー記述に置き換えるだけで可能だと思いますよ。
良かったらお試しくださいな。

JS関係は、42行目の
　<{include file="`$xoops_theme`/theme_ext_js.html"}>
で記述していますので、それを改造するか消すことで、他のJSも動作出来ると思います。

これ以上の詳細については、しんどいのでごめんなさい。
私も最近は全然弄ってませんので。