当サイトのダウンロードページにも書いてますが・・・
http://xoops123.com/modules/d3downloads/index.php?page=singlefile&cid=5&lid=39

とりあえず、お返事させていただきますね。次の要領で作業してください。

【メニュー表示項目の変更】

　このテーマでは、xugj_assign_phpを用いたメニュー表示を行いますが、インストールして初回表示した時に、メインメニュー表示する設定となっているメニュー項目を自動で引用してきます。（表示用のキャッシュファイルを自動作成して利用）

　従って、モジュールの管理にてモジュールの表示名を変えたり、並び順を「０」として非表示指定した場合でも、テーマのメニュー表示は以前作成したキャッシュファイルを利用することから、変更した表示となりません。

　そのような場合、FTPソフトを使って、cacheディレクトリ内の theme_basic_menus_****.php を削除してください。
　再度、サイトを表示した際に、新しくメニュー用のキャッシュファイルが自動生成されます。

　また、XoopsXのX-updateを使うと「xugjメニューキャッシュリフレシュ」モジュールをインストールできるので、それであればモジュールにてキャッシュ削除できます。