kuta さん、こんばんは。
starter_packを使っていただいているのですね。嬉しいですね。

XOOPS X へのアップグレードですか？
多分、大丈夫だとは思いますけど、差分の上書きだけでいいかと聞かれると、明確に「大丈夫」と太鼓判を押すほど私には知識はありません。

当方のこのサイトもホダ塾 > starter_pack同等 > XOOPS X とアップグレードをして来ましたけど、試行錯誤の連続ですかね。
無責任かもしれませんけど、starter_packから直接XOOPS X にアップグレードして、検証した訳ではないので、ちょっと・・・

starter_packの場合、domifaraさんがカスタマイズされた部分がかなり多くて、私の理解を超えている部分があると思います。
特に、altsysあたりとかmyCKeditorなんかは、独自の機能追加もあったかと思います。
その他、プリロードなんかも独自のものがあると思うので・・・

プリロードは、一旦外して（disableに移すか、削除する）、モジュールなどもすべて上書きでアップグレードする方がいいかもしれませんね。

とりあえず、XOOPS X にアップグレードする前には、お約束のバックアップ（ファイル群とデータベースのバックアップ）を取ってからおこなうのがよろしいかと

できればローカル環境で試してから、というのがおすすめの方法ですね。
まずは、面倒だと思わず安全第一でやっていただければと思います。