xcl2.1と2.2で違う原因がちょっと分からないのと、そのような比較して現象を確認したことがないのと、どのモジュールのときにそうなるのかが判らないので、ちょっと抽象的な答えになると思いますが・・・

テーマのcssが効かないということは、何かが邪魔しているということで・・・

legacy_defaultの場合だと、テーマのCSSのあとに <{$xoops_module_header}> が読み込まれているので、これが何か作用しているような気がしますね。

簡単なテストとして、

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<link rel="stylesheet" type="text/css" media="screen" href="<{$xoops_themecss}>" />

と

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<{$xoops_module_header}>

の読み込み順を変えて試してみると良いかもしれません。

詳しい情報が聞きたければ、XUGJ辺りで質問されても良いかもしれませんね。